Příběh hry S.T.A.L.K.E.R. Clear Sky zavede hráče o rok dříve než do událostí původní hry S.T.A.L.K.E.R. v roce 2011. Skupina pronásledovatelů se poprvé dostala do samého srdce Zóny - Černobylské jaderné elektrárny a přivodí kataklyzma na pokraji katastrofy. Obrovský výbuch anomální energie změní Zónu. Spolehlivější a relativně bezpečné silnice neexistují. Celé úrovně mizí v explozích anomálií. Stalkeři a dokonce i expedice umírají nebo končí zapečetěni na ztracených územích. Na mapě Zóny se objeví nové oblasti, které zůstaly neznámé od doby vzniku Zóny. Zóna se nadále otřásá výbuchy. Zóna je nestabilní. Anomální aktivita je na svém maximu. Změny na mapě Zóny, o které mluví pronásledovatelé, otřesou křehkou rovnováhou sil v Zóně. Mezi uskupeními vzplane nepřátelství o nová území, artefakty, pole a sféry vlivu. Už nejsou žádní staří nepřátelé ani přátelé - nyní je každý sám za sebe. Mezi těmito uskupeními začala válka frakcí. 10 hodin hlavní dějové linie hry 5 zcela nových úrovní - Bažiny Rudý les Zničená nemocnice Limansk a vojenská výzbroj 8 výrazně přepracovaných úrovní z původní hry - Cordon, Odpadky, Temné údolí, Agroprom Agroprom Undergrounds, Yantar Vojenské a stanice Vylepšení zbraní a brnění Možnost opravit zbraně Aktualizované koncepty anomálií a artefaktů - vzácné anomálie nelze vidět a jsou objeveny pomocí detektorů 36 typů zbraní 4 herní režimy pro více hráčů 12 Mapy pro více hráčů